Microorganismele pot fi analizate prin diferite metode. Pentru detectarea microorganismelor sunt utilizate de obicei metode de cultură şi examinare microscopică, iar pentru diferenţierea lor metode biochimice şi serologice. Pentru detectarea microorganismelor în culturi sunt necesare medii nutritive lichide şi solide, în sau pe care microorganismele sunt concentrate prin creştere. O determinare cantitativă este posibilă numai cu medii nutritive solide, deoarece coloniile dezvoltate pe suprafaţa acestora pot fi evaluate şi numărate individual. Pentru analize microbiologice pot fi utilizate următoarele medii de cultură:  medii de cultură aprobate de FDA, publicate în Manualul Analitic Bacteriologic [30];  seturi de cartonaşe impregnate cu mediu nutritiv - CMN, care optimizează masiv metoda filtrului membrană;  cartonaşe absorbante de umezit cu mediu nutritiv lichid;  medii nutritive cu agar sau gelatină ca agent solidificator; 3